dsh-molecule-visualization：在 DeepSeek Harness 会话里渲染 3D 分子结构

它是做什么的？

它是 DeepSeek Harness（DSH）的分子可视化插件（DSH plugin），把分子文件变成会话里可旋转、可缩放的交互式 3D 查看器。它解决的是「分子结构只能看文本、渲染失败只剩空白画布」的问题：传入文件路径或结构数据后，直接在对话卡片里出图，出错时也会说明具体原因。核心能力包括多格式解析、球棍样式、PDB 列校验与自动修复，以及容器不可见时的超时保护。

核心功能

• 六种格式输入：支持 PDB、SDF、MOL、MOL2、XYZ 以及 Gaussian 输入文件（只取几何结构），MOL 内部按 SDF 解析器处理，避免被误判成其他格式而解析出 0 个原子。
• 失败可见：解析异常、0 原子、WebGL 不可用、容器不可见各有独立文案，卡片上给出具体原因、修复建议与重试按钮，渲染后还会核对原子数是否一致。
• 球棍样式：在 stick、line、sphere、cartoon 之外新增 ball & stick，用细棍叠加小球两种表示，可实时切换并调整背景色与着色。
• PDB 列校验与修复：按 PDB 规范逐列检查坐标与记录名，报出「哪一行、哪一列」；整份文件统一的 altLoc 列错位会被自动修复并以警告提示。
• 路径优先读取：直接传文件路径由服务端读取，Windows、WSL 与家目录路径自动互转，省去手动粘贴结构数据。
• 离线可用与可恢复：3Dmol.js 本地打包进客户端，无 CDN 运行时请求；载荷随工具结果持久化，重启后照常渲染。

怎么使用这个插件？

在 DSH 中启用后，用自然语言描述需求即可，模型会自动调用分子查看工具，例如让它可视化某个本地 PDB 文件路径。渲染出的卡片支持鼠标旋转、缩放，并可在球棍、stick、line、sphere、cartoon 之间切换样式与着色。若卡片显示失败原因，按提示修正文件或容器状态后点重试；容器被折叠或隐藏时，查看器会在约 10 秒后提示「容器不可见」而不是一直加载。该插件由 Kanade-Tachibana-Methyl 维护，基于上游 MIT 项目改写并独立演进，采用 TypeScript 编写。

报错怎么排查？

• 卡片显示解析出 0 个原子：多为格式与解析器不匹配，确认文件扩展名与实际内容一致，MOL 文件按 SDF 解析处理。
• 卡片提示 PDB 列错位或坐标非数字：按提示的行号列号检查固定列格式，整份文件统一的 altLoc 伪标记会被自动修复并给出警告。
• 一直停在加载状态：通常是查看器容器被折叠或隐藏（display:none 或尺寸为 0），展开容器后重试即可。
• 提示 WebGL 不可用：说明当前环境缺少可用的图形渲染能力，换用支持 WebGL 的环境再打开。