dsh-science：DeepSeek Harness 的科研工作台插件，管理科研循环与产物溯源

dsh-science 是 DeepSeek Harness（DSH）的科研工作台插件（DSH plugin），专为基因组学、病原体、人类健康与生物信息学项目设计。它解决科研流程中实验记录分散、结果难以复现、数据溯源缺失等问题，提供一套完整的科研闭环管理能力。核心能力包括：基于 ReAct 范式的科研循环引擎（research_* 工具）、带溯源信息的版本化产物管理（artifact_* 工具），以及 10 个科学技能（如科研循环、文献连接、手稿撰写、生物信息学工具包等）。该插件由 biociao 维护，采用 MIT 许可证，最近更新于 2026-08，当前版本为 v0.1.1，重点强化了并发安全与错误处理。

dsh-science 这个 DSH plugin 提供哪些科研循环工具？

科研循环引擎实现了完整的科研状态机，从 Question → Hypothesis → Experiment → Observe → Analyze → Conclude → Next Question，并通过 research_init、research_state、research_hypothesis、research_experiment、research_findings、research_phase、research_review、research_report 等工具驱动。所有状态持久化在 research-manifest.json 中，支持假设状态机（proposed → testing → supported/refuted/inconclusive）和仅前向的阶段转换（回退需配置）。

dsh-science 如何管理带溯源信息的版本化产物？

产物管理工具包括 artifact_save、artifact_list、artifact_show、artifact_diff、artifact_verify、artifact_deprecate、artifact_reproduce。每个结果保存为 artifacts/<name>/v<N>/ 目录，包含每个文件的 SHA-256 哈希、artifact.json 溯源信息（命令、输入、环境、envFile）以及追加式的 provenance.md。v0.1.1 还引入了流式 SHA-256 计算、相同内容去重（硬链接）、artifact_diff/artifact_verify/artifact_deprecate 升级，以及 envFile 和输入哈希的溯源记录。

dsh-science 包含哪些科学技能？

插件内置 10 个科学技能：research-loop、science-project-setup、artifact-provenance、scientific-reviewer、literature-connector、parallel-delegation、manuscript-writing、bioinformatics-toolkit、conda-environments、data-inventory。这些技能覆盖科研项目从搭建、文献调研、实验执行到论文撰写的全流程，帮助科研人员高效组织工作。

dsh-science 怎么安装？

安装方式有两种：作为 profile bundle（社区标准）或作为 agent preset（科学模式）。推荐使用 profile bundle 方式，安装命令如下：

dsh plugin --profile web add github:biociao/dsh-science

安装后重启 profile 或刷新 Web GUI，research_* 和 artifact_* 工具即可在该 profile 的所有 agent 中使用。若需完整科学模式体验，可克隆仓库到 ~/.dsh/.agent-presets/science 并运行 bash scripts/install.sh。

dsh-science 的并发安全与错误处理有何特点？

v0.1.1 强化了并发安全：所有 manifest 和 artifact 写入通过轻量级文件锁（O_EXCL + 陈旧回收）和原子 tmp+rename 实现，并行子代理不会损坏或丢失 research-manifest.json / artifacts.json 的更新。错误码结构化（如 ERR_NOT_INIT、ERR_NOT_FOUND、ERR_VALIDATION 等），并支持 manifest schema v1→v2 迁移、结构化 JSON 输出（research_report、artifact_diff、artifact_verify）以及审计日志 <root>/.science.log。

查看更多 DSH 插件，访问 dsh-plugin.org