dsh-pubmed：DeepSeek Harness 的实体级文献检索与知识图谱插件

它是做什么的？

dsh-pubmed 是 DeepSeek Harness（DSH）的文献检索插件，将 PubMed、Europe PMC、PubTator3 与 Semantic Scholar 四源整合为 25 个原生模型工具，无需 MCP 客户端或付费代理。它解决传统关键词检索中的同义词漏检、噪音混入、证据链断裂、被引数据缺失及多平台割裂等问题，把机械筛库时间转化为高质量阅读时间。核心能力包括实体级检索、个人文献知识图谱、跨源统一检索与证据可审计。

核心功能

• 实体级检索：通过 PubTator3 将文本归一为权威概念 ID（如 metformin → MESH:D008687），支持关系式查询直达支持某条关系的文献，免疫同义词噪音。
• 个人文献知识图谱：自动将每次取回的文章并入会话图谱，支持关键词节点、concept 节点（带权威 ID 跨文章去重）、curated 关系边（带证据 PMID）及启发式关系边，可持久化至本地 JSON 文件。
• 跨源统一检索：一条查询同时打 PubMed、Europe PMC 与 OpenAlex，按 DOI/PMID/标题去重合并，多平台命中排前，并合并被引数；可选并入 Semantic Scholar。
• 被引与推荐：Semantic Scholar 工具提供被引数、论文推荐与标题精确匹配，官方免费 API 无 key 可用。
• 全文与元数据：按 PMID 获取结构化文章（作者、摘要、MeSH、基金、DOI、PMCID），支持 MeSH 与 ID 工具。

怎么使用这个插件？

在 DSH 中启用并重启后，pubmed_* 工具出现在所有会话，零配置即可用。先自检一条 pubmed_spell_check({ query: 'microbiom' }) 应返回 corrected: "microbiome"。宽口径扫描首选 pubmed_search_papers（跨源统一检索），提及具体实体或药-病关系时用 pubmed_pubtator_search，需要字段限定或日期范围时用 pubmed_search_articles。每次 pubmed_fetch_articles 默认自动并入会话图谱，满意后执行 pubmed_graph_commit 持久化到本地。